Du Logiciel Qui Comprend
La Science.
Appui en biostatistique et en bio-informatique pour vos projets de recherche : plan d'expérience, analyse statistique, et les outils qui vont avec : R, Python, applications web. Missions cadrées d'environ six mois, à distance, auprès de laboratoires et d'organismes de recherche en France et en Europe. Disponible dès maintenant.
Publications, logiciels & CV sur agouy.github.io ↗Un chercheur qui construit ses outils
AlgoLife, c'est Alexandre Gouy, docteur en biologie computationnelle (Université de Berne, thèse summa cum laude). Mes propres travaux portent sur la génomique des populations et la biologie évolutive — sélection polygénique, introgression adaptative, inférence démographique — publiés dans Molecular Biology and Evolution, Nucleic Acids Research et Forensic Science International: Genetics.
J'interviens auprès d'équipes de recherche comme statisticien et développeur extérieur : concevoir l'étude, mener l'analyse, et écrire le logiciel qui rend les deux reproductibles. Les outils du quotidien sont R et Python, et des applications web quand l'équipe a besoin de continuer à exploiter les résultats par elle-même. Domaines : génomique des populations, biologie évolutive, données d'écologie et de biodiversité, génétique de la conservation et génétique forensique.
Par ailleurs, plus tôt dans mon parcours : data science et bio-informatique avec Novartis, Roche et Pfizer, et sur les plateformes Databricks, Palantir Foundry et Tercen.
Compétences clés
- Génomique des populations et biologie évolutive
- Statistiques et plans d'expérience
- Écologie, biodiversité et génétique de la conservation
- R, Python et applications web
- Pipelines reproductibles et données de séquençage (NGS)
- Enseignement et formation scientifique
Deux offres
Des missions d'analyse pour les projets de recherche, et de la formation. Les deux constituent l'offre — aucune n'est accessoire.
Missions de recherche
Un appui en biostatistique et en bio-informatique sur un projet de recherche défini. J'interviens comme analyste et développeur extérieur à l'équipe, le temps de traiter la question — pas le temps d'un renouvellement de contrat.
- Périmètre cadré — Environ six mois en général, défini dès le départ, avec une question et des livrables explicites
- Entièrement à distance — Le travail à distance est le mode de collaboration habituel, avec des laboratoires et des instituts partout en Europe
- Des livrables concrets — Analyses, rapport de méthodes et de résultats, code reproductible, et une application web quand cela a du sens
Enseignement et formation
Environ 530 heures d'enseignement universitaire, à l'Université de Berne et à l'Université de Limoges, ainsi que de nombreuses formations professionnelles animées pour des clients variés. Des ateliers d'un à trois jours, sur site ou à distance, en français ou en anglais.
- Pour la recherche — Écoles doctorales, formation permanente à l'INRAE, au CNRS et à l'université, instituts de recherche et organismes de formation — statistiques et plans d'expérience, R et Python, workflows reproductibles, génomique et analyse de données
- Pour les organisations et les entreprises — Bases de l'analyse de données, et usage efficace et responsable des outils d'IA
- Format pratique — D'un à trois jours, sur site ou à distance, en français ou en anglais
Mes domaines d'intervention
Le type de questions qu'un laboratoire, un conservatoire ou un institut a réellement besoin de traiter.
Analyse statistique et plans d'expérience
L'analyse dont le projet a besoin, et le travail de conception qui devrait la précéder. Taille d'échantillon, puissance, facteurs de confusion et choix du modèle réglés tant qu'il est encore possible de modifier le protocole.
- Plans d'expérience et plans d'échantillonnage, analyse de puissance
- Modèles mixtes, analyses multivariées, sélection de modèles
- Rédaction des sections méthodes et résultats aux standards des revues
Génomique des populations et données de séquençage
L'analyse de données de séquences en génomique des populations et en biologie évolutive — le domaine dans lequel je publie. Des lectures brutes jusqu'à une inférence défendable sur les populations étudiées.
- Appel de variants, filtrage et contrôle qualité sur données NGS
- Structure des populations, diversité, inférence démographique, détection de la sélection
- Génétique de la conservation : taille efficace, flux de gènes, consanguinité
Analyse de données écologiques et spatiales
Les données d'écologie et de biodiversité telles qu'elles arrivent réellement : déséquilibrées, structurées dans l'espace, pleines de zéros et de problèmes de détection. Et analysées en conséquence.
- Modèles de distribution d'espèces, d'occupancy et d'abondance
- Données spatiales et de télédétection, analyse des habitats et de l'occupation du sol
- Séries de suivi à long terme et indicateurs de biodiversité
Logiciel de recherche et workflows reproductibles
Quand une analyse doit pouvoir être rejouée — par quelqu'un d'autre, sur les données de l'année suivante, devant un relecteur — il lui faut un pipeline ou une application, pas un dossier de scripts.
- Packages R et Python, et applications web utilisables par l'équipe sans moi
- Pipelines reproductibles, gestion de versions, environnements documentés
- Transfert et formation pour que l'équipe puisse faire tourner le tout sans moi
Réalisations
STRAF
Un outil en ligne et un package R pour l'analyse de données STR en génétique forensique, dont je suis l'auteur et le mainteneur. STRAF calcule à partir d'un seul fichier d'entrée l'ensemble des paramètres attendus d'une étude de population en forensique, via une interface utilisable sans être spécialiste.
Diffusion
Cité plus de 380 fois, et utilisé par des laboratoires de génétique forensique dans le monde entier.
Deux publications dans Forensic Science International: Genetics :
- • Gouy A, Zieger M (2025). STRAF 2: New features and improvements of the STR population data analysis software . Forensic Science International: Genetics.
- • Gouy A, Zieger M (2017). STRAF — a convenient online tool for STR data evaluation in forensic genetics . Forensic Science International: Genetics.
- R
- Shiny
- Génétique des populations
- Open source
Un partenariat statistique et logiciel sur plusieurs années
Une collaboration extérieure au long cours avec un institut de recherche, qui continue de produire des publications. C'est l'illustration la plus nette de ce que cette offre donne en pratique : je n'y suis pas un prestataire qui livre une analyse ponctuelle, mais le statisticien et le développeur avec qui l'équipe travaille d'une étude à la suivante.
Ce que j’apporte
Conception des études, analyse statistique et développement logiciel — de la planification de l'expérience jusqu'au code et au manuscrit.
Sept publications en co-signature depuis 2017, la plus récente en 2026. Deux exemples :
- • Tièche EP, Indra L, Gouy A, Heckel G, Zieger M (2026). Dual-kingdom necrobiome succession extends postmortem interval estimation into skeletonization . Forensic Science International: Genetics.
- • Gouy A, Zieger M (2025). STRAF 2: New features and improvements of the STR population data analysis software . Forensic Science International: Genetics.
- Conception d’étude
- Analyse statistique
- Machine learning
- Logiciel
Mitan
Une plateforme géospatiale de suivi des forêts et des espaces naturels, qui croise télédétection et connaissance écologique de terrain. Conçue pour ceux qui gèrent réellement ces milieux : communes, gestionnaires d'espaces naturels et associations.
Résultat
Un outil d'aide à la décision déployé auprès de communes françaises et d'associations pour la gestion durable des forêts et du territoire.
- Télédétection
- Biodiversité
- Analyse spatiale
- Full stack
Automatisation de pipelines omiques
Un pipeline bio-informatique entièrement automatisé pour données omiques à haut débit, des sorties brutes de séquençage jusqu'aux résultats biologiques, avec une analyse standardisée d'un run à l'autre.
Résultat
Temps de traitement réduit de 80 % et analyses standardisées.
- Automatisation
- Génomique
- Reproductibilité
Travailler ensemble
Comment se déroule concrètement une mission, pour qui se demande s'il peut faire appel à moi.
Format de mission
Une mission cadrée sur une question définie, d'environ six mois en général. Le périmètre, les livrables et le calendrier sont arrêtés avant le démarrage. Des missions plus courtes ou des analyses ponctuelles restent possibles lorsque la question s'y prête.
À distance par défaut
Je travaille avec des institutions dans toute l'Europe, et pas seulement en France. Le travail à distance est le mode habituel de collaboration, pas une exception : un point régulier avec l'équipe, du code partagé, et des déplacements sur site quand le projet le justifie vraiment.
Ce que vous recevez
L'analyse elle-même, un rapport écrit de méthodes et de résultats directement utilisable dans un manuscrit ou un livrable, le code reproductible correspondant, et une application web lorsque l'équipe a besoin de continuer à explorer les données ensuite.
Entrer en contact
Un échange de 30 minutes suffit généralement à savoir si la question entre dans mon périmètre et à dimensionner le travail. Si ce n'est pas le cas, je le dis. Venez avec la question, les données dont vous disposez ou que vous attendez, et l'échéance à tenir.
Pour les acheteurs publics
Les marchés publics de services dont le montant estimé est inférieur au seuil de dispense peuvent être passés sans publicité ni mise en concurrence préalables, ce qui permet de contractualiser directement une mission d'analyse.
Un projet qui a besoin d'un analyste ?
Dites-moi la question, les données et l'échéance. Un court échange suffit généralement à savoir si cela correspond.